Chemistry with Jmol

UniWakka,W starting from the 0.4.5 version,W supports chemistry with the JmolApplet 

To insert a molecule just include between <chem></chem> the content of supported Jmol file formats.
The opening tag (<chem>) supports a number of parameters to controll the applet:

• width
• height
• style
• label
• bgcolor
• link
• wireframeRotation
• perspectiveDepth

It is also possible to use a jmol action.

Exemples

<chem link="false">
<molecule id="methanol">
W <atomArray atomID="a1 a2 a3 a4 a5 a6"
W W elementType="C O H H H H"
W W x3="-0.748 0.558 -1.293 -1.263 -0.699 0.716"
W W y3="-0.015 0.420 W 0.202 W 0.754 -0.934 1.404"
W W z3="0.024 -0.278 -0.901 W 0.600 W 0.609 0.137"/>
</molecule>
</chem>
will produce:



<chem>
ATOM W W W 1 W N W ALA W W 1 W W W 0.039 W -0.028 W 0.000 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W W 2 W CA W ALA W W 1 W W W 1.499 W -0.043 W 0.000 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W W 3 W C W ALA W W 1 W W W 2.055 W 1.361 W 0.000 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W W 4 W O W ALA W W 1 W W W 1.321 W 2.356 W 0.011 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W W 5 W CB W ALA W W 1 W W W 1.956 W -0.866 W -1.217 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W W 6 1H W ALA W W 1 W W W -0.524 W 0.894 W 0.000 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W W 7 2H W ALA W W 1 W W W -0.543 W -0.938 W 0.000 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W W 8 W HA W ALA W W 1 W W W 1.847 W -0.534 W 0.928 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W W 9 1HB W ALA W W 1 W W W 3.058 W -0.939 W -1.274 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W 10 2HB W ALA W W 1 W W W 1.571 W -1.903 W -1.181 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W 11 3HB W ALA W W 1 W W W 1.610 W -0.425 W -2.172 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W 12 W OC W ALA W W 1 W W W 3.481 W 1.470 W 0.000 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W 13 W HOC ALA W W 1 W W W 3.898 W 0.528 W 0.000 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
TER
</chem>
Will produce:

URL for retrieving molecule file is:
http://uniwakka.sourceforge.net/JmolApplet/chem.cml?form=2

<chem bgcolor="black" width="100" height="100" link="true">
ATOM W W W 1 W N W ALA W W 1 W W W 0.039 W -0.028 W 0.000 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W W 2 W CA W ALA W W 1 W W W 1.499 W -0.043 W 0.000 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W W 3 W C W ALA W W 1 W W W 2.055 W 1.361 W 0.000 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W W 4 W O W ALA W W 1 W W W 1.321 W 2.356 W 0.011 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W W 5 W CB W ALA W W 1 W W W 1.956 W -0.866 W -1.217 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W W 6 1H W ALA W W 1 W W W -0.524 W 0.894 W 0.000 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W W 7 2H W ALA W W 1 W W W -0.543 W -0.938 W 0.000 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W W 8 W HA W ALA W W 1 W W W 1.847 W -0.534 W 0.928 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W W 9 1HB W ALA W W 1 W W W 3.058 W -0.939 W -1.274 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W 10 2HB W ALA W W 1 W W W 1.571 W -1.903 W -1.181 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W 11 3HB W ALA W W 1 W W W 1.610 W -0.425 W -2.172 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W 12 W OC W ALA W W 1 W W W 3.481 W 1.470 W 0.000 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
ATOM W W 13 W HOC ALA W W 1 W W W 3.898 W 0.528 W 0.000 W 1.00 W 0.00 W W W W W W W
TER
</chem>

Will produce:

URL for retrieving molecule file is:
http://uniwakka.sourceforge.net/JmolApplet/chem.cml?form=3